Samenvatting

Ga na hoe FoundationOne alteraties kan detecteren in 315 kankergerelateerde genen en 28 geselecteerde introns.1

 

Biomarkerdetectie

FoundationOne maximaliseert de detectie van biomarkers geassocieerd met potentieel doeltreffende therapieën

Met FoundationOne kunt u behandelingsopties maximaliseren door genomische alteraties te detecteren die aanwezig zijn in 315 genen en 28 geselecteerde introns waarvan men weet dat ze verband houden met kanker, over 4 types van alteratieklassen.1 Bovendien kan FoundationOne biomarkers detecteren zoals microsatelliet-instabiliteit (MSI) en tumor mutatie-belasting (tumour mutational burden, TMB) die steeds meer geassocieerd worden met de doeltreffendheid van immunotherapieën.2,3

 

 

 

 

FoundationOne kan 4 klassen van genomische alteraties detecteren plus biomarkers geassocieerd met respons op immunotherapie2–4

 

Welke genen worden getest met behulp van FoundationOne?Welke genen worden getest met behulp van FoundationOne?
Genen getest met behulp van FoundationOne

Welke genen worden getest met behulp van FoundationOne?

Genen getest met behulp van FoundationOne
Huidige lijst van genen
  • A-B
  • C-D
  • E-F
  • G-J
  • N-P
  • K-M
  • Q-S
  • T-Z
geselecteerde herschikking
  • A-C
  • D-F
  • G-I
  • J-L
  • M-O
  • P-R
  • S-U
  • V-Z
Grotere nauwkeurigheid

FoundationOne is de leider in klinisch genomische profilering, en detecteert meer alteraties dan andere testmethoden5-8

Ten opzichte van vele andere technieken zoals fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) en immunohistochemie (IHC) biedt FoundationOne een beter detectieniveau omdat het hybrid-capture gebaseerde, next-generation sequencing (NGS) gebruikt om de volledige coderende regio’s van honderden gekende kankergerelateerde genen te sequentiëren, wat een hoge uniforme dekking over alle gesequentieerde genen heen biedt, en er zo voor zorgt dat zowel vaak voorkomende als zeldzame alteraties geïdentificeerd worden, met hoge gevoeligheid.5-8 Met deze techniek kunnen vaak voorkomende en zeldzame mutaties geïdentificeerd worden.4 De service geeft een snel antwoord, waardoor clinici de kans hebben om vlug te reageren op de bevindingen. FoundationOne genomische profilering wordt ook ondersteund door een van ‘s werelds meest uitgebreide genomische patiëntendatabase en wordt  wereldwijd bijgestaan door deskundigen in dit domein, welke een hoge kwaliteit verzekert, een uitgebreid rapport, en contact met deze deskundigen mocht u advies nodig hebben na ontvangst van het rapport. 

 

FoundationOne kan meer diagnose- en behandelingsopties bieden voor patiënten door klinisch relevante genomische alteraties te identificeren die met andere standaardzorg technieken misschien kunnen gemist worden6-11

Traditionele [KG{1] standaardzorg technieken, zoals IHC, blijven nog steeds een belangrijke rol spelen bij de diagnose van bepaalde kankertypes, zoals wanneer er één enkele biomarkertest nodig is om de aanwezigheid of afwezigheid van specifieke alteraties te bepalen die geassocieerd zijn met het behandelingssucces van een goedgekeurde therapie. Uitgebreide (comprehensive) genomische profilering biedt de mogelijkheid om meerdere biomarkers en alteraties tegelijk te detecteren, zonder dat de doelwitten (targets) vooraf bepaald moeten worden (dus de doelwitten moeten niet gekend zijn vóór de test). Deze test is vooral waardevol in gevallen waarin het niet zo duidelijk is waarop er precies getest moet worden.6-11

 

 

Met FoundationOne kunnen alteraties gevonden worden in een hele reeks van verschillende kankertypes4

FoundationOne biedt een uitgebreide (comprehensive)  genomische profilering, dus het is niet nodig om een alteratie vooraf te specifiëren. Men heeft gezien dat de meeste van de potentieel klinisch relevante alteraties gemist kunnen worden met de traditionele profileringsbenaderingen die testen op vooraf bepaalde alteraties op basis van de verwachtingen van de arts.6-11 In een studie van ongeveer 7.300 stalen van solide tumoren werd het mogelijke voordeel onderzocht van gerichte therapie voor gekende oncogene ERBB2 (ook gekend als HER2) alteraties, die vaak voorkomen bij borst-, maag-, en gastro-oesofageale (GE) kanker. In deze studie werden in 27 verschillende weefseltypes ERBB2 alteraties gedetecteerd. De ERBB2 amplificatie-alteraties die ontdekt werden bij GE junctie-, borst- en maagkanker maakte slechts 30% uit van alle gedetecteerde gekende oncogene ERBB2 alteraties.7

De uitvoering van een uitgebreide (comprehensive) hybrid capture-gebaseerde NGS leidde tot opsporing van genomische alteraties zoals base-substitutie, herschikking, insertie/deletie en amplificatie in de hele reeks geteste kankertypes. De bevindingen van deze studie benadrukken dat uitgebreide (comprehensive) genomische profilering, in vergelijking met de huidige klinische standaard, nauwkeuriger patiënten kon identificeren die voordeel kunnen hebben van ERBB2-gerichte therapieën.*7

 

Patienten bij wie klinisch relevante alteraties kunnen worden gedetecteerd met behulp van uitgebreide (comprehensive) genomische profilering
swipe
FoundationOne biedt uitgebreide (comprehensive) genomische profilering waarmee meer alteraties ontdekt kunnen worden dan met een NGS hotspot-analyse4,17,18
NGS [KG{1] hotspot-analyse (amplicon-gebaseerd) sequentieert enkel bepaalde regio’s of “clusters” van genen waarvan men weet dat ze geassocieerd zijn met het ontstaan van kanker. Hoewel deze techniek omvattender is dan fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) of dan de techniek met omgekeerde transcriptie polymerase kettingreactie (reverse transcription polymerase chain reaction, RT-PCR), geeft deze techniek een beperkte analyse. Naar schatting mist een hotspot genenpanel, zonder aanvullende FISH-tests, tot 50% van klinische relevante alteraties die in de NCCN-richtlijnen aanbevolen worden om te testen.17 Bovendien identificeert dit type test meestal base-substituties met hoge gevoeligheid maar kan het slechts kleine inserties en deleties met lage gevoeligheid detecteren.18 Veel alteraties worden daardoor wellicht nog steeds gemist tijdens de NGS hotspot-test. Dit in tegenstelling tot FoundationOne waarbij met uitgebreide (comprehensive) genomische profilering (hybridisatie capture) >99% van de coderende sequenties van veel kankergerelateerde genen getest wordt.4
Hotspot-tests identificeren niet zoveel wijzigingen als uitgebreide (comprehensive) genomische profilering
Hotspot testing does not identify as many alterations as comprehensive genomic profiling4,17,18
swipe

__

Het superieure detectieniveau dat FoundationOne levert ten opzichte van NGS hotspot-analyse is bewezen in verschillende studies:

 

400 PATIËNTEN MET NIET-KLEINCELLIGE LONGKANKER (non-small cell lung cancer, NSCLC)

17% (12/71) van de patiënten die een positieve test hadden voor EGFR exon 19 deletie hadden eerder een negatieve test met de NGS hotspot-analyse.5

 

6832 GEVALLEN VAN NSCLC
Zonder een aanvullende FISH-test kan hotspot testing tot 50% van de gerichte of gepreciseerde  alteraties missen die in de richtlijnen van het National Comprehensive Cancer Network (NCCN) aanbevolen worden om te testen met moleculaire profilering.17
4422 GEVALLEN VAN COLORECTALE KANKER

88% van predictieve KRAS-alteraties buiten de codon 12/13 hotspot-regio werd gemist bij vorige hotspot testing.19

 

References
  1. FoundationOne technical information.
  2. Chalmers ZR et al. Genome Med 2017; 9:34.
  3. Castro MP et al. J. Immunother 2015; 3:58.
  4. Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  5. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 13:3281–3285.
  6. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6:762–670.
  7. Chmielecki J et al. Oncologist 2015; 20:7–12.
  8. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  9. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.
  10. Bridge JA. J Orthop Sci 2008; 13:273–282.
  11. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  12. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.
  13. Hu L et al. Biomark Res 2014; 2:3.
  14. Lin F and Prichard J (eds). Handbook of Practical Immunohistochemistry 2015. Frequently Asked Questions, 2nd edition. Springer Science+Business Media 2015.
  15. Pekar-Zlotin M et al. The Oncologist 2015; 20:316–322.
  16. Leong T Y-M et al. Adv Anat Pathol 2010; 17:404–418.
  17. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.
  18. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 21:3631–3639.
  19. Rankin A et al. The Oncologist 2016; 11:1306–1314.